Pour chaque enquête, l'échantillon est tiré à partir d'une base de sondage régulièrement mise à jour à partir de différentes sources administratives : le répertoire des entreprises (Sirene), les déclarations nécessaires aux soutiens de la Politique agricole commune (PAC), le répertoire des cotisants non-salariés à la Mutualité sociale agricole (MSA), entre autres. La stratification est basée sur trois critères : la localisation du lieu principal de production (région et département), l’orientation technico-économique de l’exploitation (Otex) et sa dimension économique. Le tirage est effectué en un seul degré, directement au niveau des exploitations agricoles et s’opère au sein de chaque strate. Une strate exhaustive a été constituée pour les exploitations de très grande dimension économique et/ou comportant plusieurs établissements, qui sont alors toutes enquêtées. En 2023, 57 600 questionnaires ont été exploités, représentant 282 800 exploitations en France, y compris les DOM et les micro-exploitations.

Les enquêtes de 1990,1993, 1995 et 1997 visaient à mettre à jour les données du recensement de 1988. Pour 1990, un échantillon d’environ 60 000 exploitations a été tiré dans la base du Recensement agricole de 1988 avec suivi de ces exploitations en 1990, en fonction des terres et du siège de l'exploitation, déterminant ainsi les exploitations disparues, pérennes ou filles. Cet échantillon de 1990 a été repris pour 1993, 1995 et 1997. Pour chaque enquête, les exploitations étaient repérées par un même identifiant, appelé numéro RGA. (RGA=recensement général de l'agriculture).
Les enquêtes de 2003, 2005 et 2007 visaient la mise à jour du recensement de 2000, celles de 2013 et 2016 mettent à jour celui de 2010 et celles de 2023 et 2026 (à venir) mettent à jour le recensement de 2020.

Sur la période 2000-2007, un dysfonctionnement de la chaîne de tirage en 2003 a entrainé une correction en 2005.